纳米生物的进攻停滞了一段时间，可能是放弃了进攻星河，也有可能是在攒一波大的，谁也不知道，因为无法解析出纳米生物之间是如何交流的，目前有一种看法是任务纳米生物之间通过特殊的电信号来传递信息，但无从考证，可能是被它们的能量武器打出问题了吧。
暂缓的攻势也给了这边大好的机会反击，各地都从击毁的纳米战舰中分析出了纳米技术并借此研究出了可自主再生的纳米装甲，进而增强了舰船的防御能力。此外，纳米装甲配合之前从晶体中研究出的偏射盾可以大幅度削弱纳米生物的能量炮，为我们提供更加安全的攻击环境。
另外，研究所还发现纳米生物并没有护盾，仅有纳米材料构成的装甲，接下来就是纳米生物的本体，因此只要击穿了纳米装甲就能直接攻击到纳米生物，这对我们来说是一个好消息，之前舰船大部分配备的都是动能武器，对护盾杀伤力较大，但难以击穿装甲，这也是为什么第一波进攻难以击退纳米生物的原因。现在舰船更换了能量武器和等离子大炮，能够轻易的穿透纳米生物的装甲。
经过了几次实战后，杀伤力确实有了很大的提高，防御力也大大加强，原先几艘一代才能击退一个纳米舰船，现在仅需两艘就能够和对面抗衡，更别说二代和三代船了。可以说，如果不是纳米生物的数量优势，现在早就攻入纳米星门了，现在进行的就是一波持久战，慢慢消耗掉纳米生物的数量，等到它们无法填满战线的时候就是反攻的好时机。
灵然也跟着帝国的舰队负责防守灵月附近的纳米星门，这几天都在防线上抵御纳米生物的进攻。不过这边的压力还是比其他地方小得多，估计对面也没多少可以使用的战舰了，要不了几天就能开始全面反攻了。
三周后，距离星门开启已经两个月了，纳米生物的攻势明显小了不少，这边也在组织反攻。终于在三天后趁着对面战线的空档各地纷纷开始反攻，成功的进入了纳米星门。
星门另一边，是一个完全陌生的地方，根据探测器显示这里只有几个星系，但最中心的星系有很明显的能量波动，应该就是纳米生物的主控核心。周围的纳米生物开始不要命的往外冲，一波接着一波冲向进入星门的舰队，看起来就像是最后的挣扎。虽然看起来吓人，不过也仅仅是吓人而已，在帝国舰队有序的换防下，每一波冲过来的纳米生物都被击退，成为了星河垃圾。
战线在稳步推进，它们的挣扎改变不了什么，不过是送来了更多的研究材料罢了。每推进一个星系，都会有探测飞船和运输飞船来探测这些星系并收集一些有用的研究材料，这些纳米生物直到死都在为我们的科研做贡献。
一周后，战线推进到了中心星系外，差一步就能进入中心星系了，不过纳米生物的反扑也越来越强，很难想象这里面到底有多少纳米生物，难不成这里是纳米生物的工厂吗？
它们很强，但没有用，帝国舰队还是进入了中心星系，令人意外的是，这里一个星体都没有，只有一个孤零零的多面体建筑漂浮在星系中，里面还时不时飞出几只纳米生物。舰队试着对那个建筑发动攻击，但是被外层的护盾防住了，三代的武器也都无法打破护盾，就这样僵持了两天。两天后，从星门另一边又进来了一个大家伙，比三代还大了两倍不止，看起来就很厉害。目标直指中心星系，到达后，周围的舰队开始向后撤离，撤到了星系外围。半个小时后，大家伙的主炮发射了，耀眼的激光横穿了半个星系，将几艘三代船都难以打破的护短直接扬了，只剩下一部分残骸还留在那里。留下了一部分船巡逻后，大舰队就返回了。
灵然也看到了主炮发射的那一幕，很震撼，很炫丽，很强。“那就是四代舰吗？果然很强，怪不得很少在战场上见到，这一艘都已经打破平衡了，远远不是三代舰可以相比的，那主炮一炮下去几艘三代都得直接蒸发吧。”
“姐姐，你说我们啥时候能有那样一艘大家伙啊。”月珑也幻想着能指挥那样一艘飞船。
灵然敲了月珑一下说：“想啥呢，你姐姐我还没有那么好的条件，你就更别想了。”说到这，灵然想起了之前在遗迹看到的比这个更大的大家伙。“我滴天，那个好像比这个更大，这都是四代了，那个岂不是要五代……”灵然不敢想了，在这个四代不出，三代就是主力的星河中，有一艘五代岂不是能横扫星河，做回自己了？“不过首先得解决能源问题，那么强的战舰光是启动估计就要把灵月抽干了，唉，难办。”
灵然也跟着大舰队返航了，不过她已经落在后面了，刚刚飞出中心星系，灵然似乎看到远处有一个纳米生物，看起来似乎在侦查。不过等灵然用观测镜确认的时候已经没了，只剩下一个个星河垃圾，灵然觉得可能是几天没睡好看错了。跟着大舰队，灵然回到了灵月。
这次战役后帝国宣布不会限制领主们对纳米星系的探索，星系内的残骸也可以自主拉回去研究。表面上看起来很公平，实际上星门内基本不剩下多少星体了，而且大部分上面都有一层的纳米生物，虽然工厂被摧毁没有了指挥，但那些纳米生物还是非常难清理，那些星体基本上等于没有一点用处了。不过星系里面的残骸还是有一些科研价值的。
很快，纳米星系就被搬空了，只剩下了那些纳米星体。等到这里重归宁静后，从几个纳米星体上钻出来几个纳米生物，它们聚在一起，似乎在交流什么，然后一起来到了中心星系的工厂被摧毁的地方，停了一会后，它们消失在了星河之中。这里再次归于宁静。
帝国离开后，纳米星门并没有被封闭，因为还有其他组织会来到这里，毕竟星门在很多个地方都出现了，尽管是帝国清场了，但不能胃口太大，不然以后要被排挤了。
之后的几天，纳米星系也有其他组织的飞船进出，大部分都是来拉走纳米生物的残骸回去研究的，但也有进来瞎转悠的。这天，又一队舰队进入了这里，中间最大的舰船上，一大一小两个人正在感受周围的能量波动。
“祂来过这里，看起来祂就在星海帝国内。”看起来很大的人说道。
“我也感受到了，很熟悉又很陌生，比之前感受到的能量都要强。”小一点的人说。
“继续追随祂的步伐，我们会得到我们想要的东西。”
“好的。”
之后，她们又到中心星系走了一圈就离开了，也拉走了不少材料。
另一端，几艘机械飞船来到这里，收集了一些残骸就消失了。